GERİ DÖN
Ders Öğretim Planı
| Dersin Kodu | Dersin Adı | Dersin Türü | Yıl | Yarıyıl | AKTS |
|---|---|---|---|---|---|
| FBZBT7049 | Yeni Nesil Dizileme Teknolojileri ve Islahta Kullanımı | Ders | 1 | 1 | 5,00 |
Dersin Seviyesi
Doktora
Dersin Sunulduğu Dil
Dersin Amacı
Bu dersin amacı öğrencileri yeni nesil dizileme teknolojileri ve bu teknolojilerin ıslahta kullanımını hakkında donanımlı hale getirmektir.
Dersi Veren Öğretim Görevlisi Görevlileri
Arş. Gör. Dr. Merve Dilek KARATAŞ
Öğrenme Çıktıları
| 1 | DNA, RNA kavramlarının anlaşılmasI |
| 2 | Birinci, İkinci ve Üçüncü nesil dizileme teknolojilerinin kullanım alanları hakkında bilgi kazandırmak. |
Öğrenim Türü
Birinci Öğretim
Dersin Ön Koşulu Olan Dersler
Ders İçin Önerilen Diğer Hususlar
[Yok]
Dersin İçeriği
DNA, RNA’ nın yapısı ve işlevi. DNA, RNA izolasyonu. İzolasyon sonucu elde edilen RNA ve DNA’ların kalite ve miktar ölçümlerinin gerçekleştirilmesi. Yeni Nesil Dizileme Teknolojileri. Dizileme Teknolojilerinin kullanım alanları. Dizileme teknolojilerinin karşılaştırılması.
Haftalık Ayrıntılı Ders İçeriği
| Hafta | Teorik | Uygulama | Laboratuvar |
|---|---|---|---|
| 1 | DNA, RNA’nın yapısı. Gen, genom kavramları | ||
| 2 | RNA izolasyonu, DNA izolasyonu | ||
| 3 | DNA ve RNA’nın miktar ve kalite analizleri, cDNA sentezi | ||
| 4 | Dizileme teknolojilerinin tarihçesi | ||
| 5 | Birinci nesil dizileme teknolojisi (Maxam-Gilbert) | ||
| 6 | Birinci nesil dizileme teknolojisi (Sanger) ve kullanım alanları | ||
| 7 | Arasınav | ||
| 8 | İkinci nesil dizileme teknolojileri ve kullanım alanları | ||
| 9 | İkinci nesil dizileme teknolojisi (Roche 454, Illumina) | ||
| 10 | İkinci nesil dizileme teknolojisi (İyon torrent, Solid) | ||
| 11 | Üçüncü nesil dizileme teknolojileri ve kullanım alanları | ||
| 12 | Üçüncü nesil dizileme teknolojileri (Oxford Nanopore, Zeromode) | ||
| 13 | Üçüncü nesil dizileme teknolojileri (Pacific Bioscience, Helicos) | ||
| 14 | Dizileme platformlarının karşılaştırılması, genel konu tekrarı |
Ders Kitabı Malzemesi Önerilen Kaynaklar
Bolukbasi E, Aras ES. Third generation DNA sequencing technologies. DNA. 2015;1(3). Darcan C, Türkyılmaz O. Yeni Nesil Dizileme Teknolojisine Genel Bakış. Bilecik Şeyh Edebali Üniversitesi Fen Bilimleri Dergisi. 2018;5(1):41-9. Doğan M, Eröz R, Yüce H, Özmerdivenli R. Yeni Nesil Dizileme (YND) Hakkında Bilinenler (Literatür Taraması). Duzce Medical Journal. 2017;19(1):27-30. Buermans H, Den Dunnen J. Next generation sequencing technology: advances and applications. Biochimica et Biophysica Acta (BBA)-Molecular Basis of Disease. 2014;1842(10):1932-41. Üstek D, Abacı N, Sırma S, Çakiris A. Yeni nesil DNA dizileme. Deneysel Tıp Araştırma Enstitüsü Dergisi. 2011;1(1):11-8. Van Dijk EL, Auger H, Jaszczyszyn Y, Thermes C. Ten years of next-generation sequencing technology. Trends in genetics. 2014;30(9):418-26. Dönmez D, Şimşek Ö, Kaçar YA. Yeni nesil DNA dizileme teknolojileri ve bitkilerde kullanımı. Türk Bilimsel Derlemeler Dergisi. 2015(1):30-7.
Planlanan Öğrenme Aktiviteleri ve Metodları
Değerlendirme
| Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri | Adet | Değer |
|---|---|---|
| Ara Sınav | 1 | 100 |
| Toplam | 100 | |
| Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri | Adet | Değer |
| Final Sınavı | 1 | 100 |
| Toplam | 100 | |
| Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri | 50 | |
| Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri | 50 | |
Staj Durumu
İş Yükü Hesaplaması
| Etkinlikler | Sayısı | Süresi (saat) | Toplam İş Yükü (saat) |
|---|---|---|---|
| Ara Sınav | 1 | 12 | 12 |
| Final Sınavı | 1 | 12 | 12 |
| Derse Katılım | 14 | 2 | 28 |
| Uygulama/Pratik | 1 | 12 | 12 |
| Rapor Hazırlama | 1 | 11 | 11 |
| Ev Ödevi | 5 | 10 | 50 |
| Toplam İş Yükü (saat) | 125 | ||
Program ve Öğrenme Çıktıları İlişkisi
| PÇ 1 | PÇ 2 | PÇ 3 | PÇ 4 | PÇ 5 | PÇ 6 | |
| ÖÇ 1 | 5 | 4 | 4 | 5 | 4 | 4 |
| ÖÇ 2 | 5 | 5 | 4 | 5 | 5 | 5 |
* Katkı Düzeyi : 1 Çok düşük 2 Düşük 3 Orta 4 Yüksek 5 Çok yüksek