GERİ DÖN

Ders Öğretim Planı

Dersin Kodu Dersin Adı Dersin Türü Yıl Yarıyıl AKTS
FBFMB7075 Biyoinformatiğe Giriş Ders 1 1 3,00

Dersin Seviyesi

Doktora

Dersin Sunulduğu Dil

Türkçe

Dersin Amacı

Bu dersin amacı, biyoinformatik kavramlarını ve biyolojik veri tabanları, dizi hizalama, gen ve protein yapı tahmini, moleküler filogenetik, genomik ve proteomik gibi uygulamaları tanıtmaktır. Öğrenciler biyoinformatik araçlarıyla pratik deneyim kazanacak ve biyoinformatik verilerinin toplanması ve sunulmasında temel becerileri geliştireceklerdir.

Dersi Veren Öğretim Görevlisi Görevlileri

Doç. Dr. Can YILMAZ

Öğrenme Çıktıları

1 Öğrenciler biyoenformatikte temel kavramları anlar.
2 Kullanılan en önemli yöntem ve araçlara dair bilgi sahibi olur.
3 Biyolojik dizi analizi için bazı temel yöntemlerin nasıl çalıştığını öğrenir.
4 Yöntemlerin doğru ve verimli olma durumunu test ederek karşılaştırabilir.
5 Algoritmaların bazılarını uygulayabilecek tecrübeyi edinir.
6 Mevcut araçları kullanarak basit dizi analizlerini yapabilir.

Öğrenim Türü

Birinci Öğretim

Dersin Ön Koşulu Olan Dersler

Yok

Ders İçin Önerilen Diğer Hususlar

Yok

Dersin İçeriği

Bu ders biyoenformatikte anahtar kavram ve yöntemlere bir giriş niteliğindedir. Genetik dizilerin analizi için ortak uygulamalarda kullanılan etkili algoritmalar ve teknikler üzerinde durulur. Kapsanan konular: iki veya daha fazla dizinin karşılaştırılması ve hizalanması, dizi veri tabanlarının indekslenmesi ve aranması, motif keşfi, dizi kalıpları ile arama, gen tahmini ve aynı zamanda genom dizilemesinden verilerin eşlenmesi ve birleştirilmesi. Moleküler biyoloji ile ilgili gerekli temel bilgiler tüm süreç boyunca öğretilir.

Haftalık Ayrıntılı Ders İçeriği

Hafta Teorik Uygulama Laboratuvar
1 Ünite-1: Başlamadan Önce...DNA, RNA ve Protein Var Var
2 Ünite-2: Biyoenformatik Nedir? Tanımlar ve Kavramlar Var Var
3 Ünite-2: Biyoenformatik Nedir? Tanımlar ve Kavramlar Var Var
4 Ünite-3: Biyolojik Veritabanlarından Bilgi Erişimi Var Var
5 Ünite-3: Biyolojik Veritabanlarından Bilgi Erişimi Var Var
6 Unit-4: Pairwise Sequence Alignment Var Var
7 Unit-4: Pairwise Sequence Alignment Var Var
8 Vize Var Var
9 Ünite 5: Veritabanlarında Benzerlik Araştırmaları Var Var
10 Ünite 5: Veritabanlarında Benzerlik Araştırmaları Var Var
11 Ünite 5: Veritabanlarında Benzerlik Araştırmaları Var Var
12 Ünite 6: Filogenetik Ağaç Oluşturma Var Var
13 Ünite 6: Filogenetik Ağaç Oluşturma Var Var
14 Ünite 7: in silico Protein Analizleri Var Var

Ders Kitabı Malzemesi Önerilen Kaynaklar

Ders Notları

Planlanan Öğrenme Aktiviteleri ve Metodları

Değerlendirme

Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri Adet Değer
Ara Sınav 1 100
Toplam 100
Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri Adet Değer
Final Sınavı 1 100
Toplam 100
Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri 40
Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri 60

Staj Durumu

Yok

İş Yükü Hesaplaması

Etkinlikler Sayısı Süresi (saat) Toplam İş Yükü (saat)
Ara Sınav 1 2 2
Final Sınavı 1 2 2
Derse Katılım 14 1 14
Uygulama/Pratik 14 1 14
Laboratuvar 14 3 42
Beyin Fırtınası 14 1 14
Bireysel Çalışma 14 1 14
Ara Sınav İçin Bireysel Çalışma 1 8 8
Final Sınavı içiin Bireysel Çalışma 1 15 15
Toplam İş Yükü (saat) 125

Program ve Öğrenme Çıktıları İlişkisi

PÇ 1 PÇ 2 PÇ 3 PÇ 4 PÇ 5 PÇ 6 PÇ 7 PÇ 8 PÇ 9 PÇ 10 PÇ 11 PÇ 12 PÇ 13 PÇ 14 PÇ 15 PÇ 16
ÖÇ 1 4 4 4 4 3 3 4 4 3 3 3 3 3 2 2 1
ÖÇ 2 4 4 4 4 3 3 4 4 3 3 3 3 3 2 2 1
ÖÇ 3 4 4 4 4 3 3 4 4 3 3 3 3 3 2 2 1
ÖÇ 4 4 4 4 4 3 3 4 4 3 3 3 3 3 2 2 1
ÖÇ 5 4 4 4 4 3 3 4 4 3 3 3 3 3 2 2 1
ÖÇ 6 4 4 4 4 3 3 4 4 3 3 3 3 3 2 2 1
* Katkı Düzeyi : 1 Çok düşük 2 Düşük 3 Orta 4 Yüksek 5 Çok yüksek