GERİ DÖN
Ders Öğretim Planı
| Dersin Kodu | Dersin Adı | Dersin Türü | Yıl | Yarıyıl | AKTS |
|---|---|---|---|---|---|
| FBFMB7055 | Genetik Çeşitlilik ve Genom Mühendisliği | Ders | 1 | 1 | 5,00 |
Dersin Seviyesi
Yüksek Lisans
Dersin Sunulduğu Dil
Dersin Amacı
Genetik çeşitlilik kavramı, günümüzde koruma/sürdürülebilirlik söylemlerinin en önemli ve kapsamlı konularından birisi haline gelmiştir. Genlerin, türlerin ve ekosistemlerin çeşitliliği, sürdürülebilirlikle ilgili olarak küresel anlamda çok büyük bir potansiyel sermaye zenginliği olarak kabul edilmeye başlanmıştır. Genetik çeşitliliğin kaybedilmesi, küresel bir sorun olarak algılanmakta ve dünya nüfusunun besin ihtiyaçları düşünüldüğünde, bitkisel kökenli genetik kaynaklar, gıda ve tarım için çok büyük önem taşımaktadır. Bu derste öncelikle genetik çeşitliliğin kültürel ve manevi bir miras olduğu vurgulanacaktır. Ardından genetik çeşitlilik, bitki genetik çeşitliliğini azaltan etkenler ifade edildikten sonra DNA ve RNA İzolasyon metotlarıyla başlayıp genetik çeşitlilik tespit yöntemleri ve hesaplamaları anlatılacaktır. Böylelikle genetik çeşitliliğin zenginliğinin önemi ve tespit yöntemlerinin anlaşılması amaçlanmaktadır.
Dersi Veren Öğretim Görevlisi Görevlileri
Dr. Öğr. Ü. Yunus Emre Arvas
Öğrenme Çıktıları
| 1 | Genetik çeşitliliğin dünyadaki dağılışı ve bölgesel farklılıklar ile nedenlerini açıklayabilme |
| 2 | Genetik çeşitliliğin anlamı, korunması ve sürdürülebilir kullanımı konusunda fikir yürütebilme |
| 3 | Genetik çeşitliliği tanımlayabilme Genetik çeşitliliği tespit yöntem ve tekniklerini kullanabilme Genetik çeşitliliğin oluşum mekanizmasını açıklayabilme Polimorfizm tanımlayabilme, DNA düzeyinde polimorfizmi hesaplayabilme |
| 4 | Biotik ve Abiotik faktörler ve organizmalara etkilerini açıklayabilme |
| 5 | Genom organizasyonu, yapı ve özelliklerini açıklayabilme Moleküler teşhis ve araştırma tekniklerini açıklayabilme |
Öğrenim Türü
Birinci Öğretim
Dersin Ön Koşulu Olan Dersler
Yok
Ders İçin Önerilen Diğer Hususlar
Yok
Dersin İçeriği
Bu ders kapsamında; Genetik çeşitlilik, Bitki genetik çeşitliliğini azaltan etkenler, DNA ve RNA İzolasyon metotları, Polimorfizm, DNA ve Fenotip düzeyinde Polimorfizm, Polimorfizmin Genetik Uygulamalarda Kullanımı, Restriksiyon Enzim Kesim Yöntemi ile Tek Nükleotid Polimorfizmi Analizi, Tek Nükleotid Polimorfizmi Örneği İle Çalışma, PZR ve Gerçek Zamanlı PZR ile Polimorfizm Tayini, Transpozonlar, Retrotranspozonlar, Kodlanmayan RNA’lar (miRNA, siRNA), Genetik Çeşitlilik Tayin Programları anlatılacaktır. Bu derste öğrenciler genetik çeşitliliği kavrar ve analiz eder.
Haftalık Ayrıntılı Ders İçeriği
| Hafta | Teorik | Uygulama | Laboratuvar |
|---|---|---|---|
| 1 | Genetik çeşitlilik | ||
| 2 | Bitki gen kaynakları bakımından yurdumuzda ve dünyada durum | ||
| 3 | Bitki genetik çeşitliliğini azaltan etkenler, Türkiye’de bitki genetik çeşitliliğini koruma | ||
| 4 | DNA ve RNA İzolasyon metotları | ||
| 5 | Mutasyon ve Tamir Mekanizmaları | ||
| 6 | Polimorfizm, DNA ve Fenotip düzeyinde Polimorfizm | ||
| 7 | Polimorfizmin genetik uygulamalarda kullanımı | ||
| 8 | Ara sınav-Polimorfizmin genetik uygulamalarda kullanımı | ||
| 9 | Restriksiyon enzim kesim yöntemi ile tek nükleotid polimorfizmi analizi | ||
| 10 | Tek nükleotid polimorfizmi örneği ile çalışma | ||
| 11 | PCR ve real-time PCR ile polimorfizm tayini | ||
| 12 | Transpozonlar | ||
| 13 | Retrotranspozonlar ve Kodlanmayan RNA’lar (miRNA, siRNA) | ||
| 14 | Genetik Çeşitlilik tayin programları | ||
| 15 | Final |
Ders Kitabı Malzemesi Önerilen Kaynaklar
WWF & IUCN. 1994. Centers of Plant Diversity. A Guide and Strategy for their Conservation (Eds. S.D. DAVIS, V.H. HEYWOOD, & A.C. HAMILTON), 3 volumes IUCN Publications Unit, Cambridge, U.K. GROOMBRIDGE, D. & JENKINS, M.D. 2002. World Atlas of Biodiversity, University of California Press, London. HAILS, A. J. 1997. Wetlands, Biodiversity and the Ramsar Convention: the role of the convention on Wetlands in the Conservation and Wise use of Biodiversity, Gland, Switzerland. Thompson & Thompson Genetics in Medicine 8th edition. Robert Nussbaum & Roderick R. McInnes & Huntington F Willard. Elsevier Health Sciences, Canada, 2015. 43-56 Molecular Biology of the Gene (7th Edition). James D. Watson, Tania A. Baker, Stephen P. Bell, Alexander Gann, Michael Levine. Benjamin Cummings Press, 2013. Hickman AB, Dyda F. Mechanisms of DNA Transposition. Microbiol Spectr. 2015 Apr;3(2):MDNA3-0034-2014. doi: 10.1128/microbiolspec.MDNA3-0034-2014. PMID: 26104718; PMCID: PMC7422641. Muñoz-López M, García-Pérez JL. DNA transposons: nature and applications in genomics. Curr Genomics. 2010 Apr;11(2):115-28. doi: 10.2174/138920210790886871. PMID: 20885819; PMCID: PMC2874221. Jia W, Asare E, Liu T, Zhang P, Wang Y, Wang S, Shen D, Miskey C, Gao B, Ivics Z, Qian Q, Song C. Horizontal Transfer and Evolutionary Profiles of Two Tc1/DD34E Transposons (ZB and SB) in Vertebrates. Genes (Basel). 2022 Nov 29;13(12):2239. doi: 10.3390/genes13122239. PMID: 36553507; PMCID: PMC9777934. Jiang JC, Rothnagel JA, Upton KR. Integrated transcription factor profiling with transcriptome analysis identifies L1PA2 transposons as global regulatory modulators in a breast cancer model. Sci Rep. 2021 Apr 13;11(1):8083. doi: 10.1038/s41598-021-86395-9. PMID: 33850167; PMCID: PMC8044218. Liu Y, Zong W, Diaby M, Lin Z, Wang S, Gao B, Ji T, Song C. Diversity and Evolution of pogo and Tc1/mariner Transposons in the Apoidea Genomes. Biology (Basel). 2021 Sep 20;10(9):940. doi: 10.3390/biology10090940. PMID: 34571816; PMCID: PMC8472432.
Planlanan Öğrenme Aktiviteleri ve Metodları
Yok
Değerlendirme
| Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri | Adet | Değer |
|---|---|---|
| Ara Sınav | 1 | 100 |
| Toplam | 100 | |
| Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri | Adet | Değer |
| Final Sınavı | 1 | 100 |
| Toplam | 100 | |
| Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri | 40 | |
| Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri | 60 | |
Staj Durumu
Yok
İş Yükü Hesaplaması
| Etkinlikler | Sayısı | Süresi (saat) | Toplam İş Yükü (saat) |
|---|---|---|---|
| Ara Sınav | 1 | 2 | 2 |
| Final Sınavı | 1 | 2 | 2 |
| Laboratuvar | 16 | 3 | 48 |
| Ara Sınav İçin Bireysel Çalışma | 16 | 3 | 48 |
| Final Sınavı içiin Bireysel Çalışma | 16 | 2 | 32 |
| Toplam İş Yükü (saat) | 132 | ||
Program ve Öğrenme Çıktıları İlişkisi
| PÇ 1 | PÇ 2 | PÇ 3 | PÇ 4 | PÇ 5 | PÇ 6 | PÇ 7 | PÇ 8 | PÇ 9 | PÇ 10 | PÇ 11 | PÇ 12 | PÇ 13 | PÇ 14 | PÇ 15 | PÇ 16 | |
| ÖÇ 1 | 4 | 5 | 3 | 4 | 5 | 5 | 5 | 4 | 5 | 5 | 5 | 5 | 5 | 5 | 5 | 5 |
| ÖÇ 2 | 5 | 4 | 4 | 4 | 4 | 3 | 4 | 5 | 4 | 5 | 5 | 3 | 3 | 3 | 4 | 4 |
| ÖÇ 3 | 4 | 3 | 5 | 5 | 3 | 4 | 3 | 3 | 3 | 4 | 4 | 4 | 3 | 4 | 3 | 5 |
| ÖÇ 4 | 5 | 4 | 4 | 4 | 4 | 5 | 4 | 4 | 4 | 3 | 4 | 4 | 4 | 4 | 3 | 5 |
| ÖÇ 5 | 4 | 5 | 3 | 3 | 5 | 4 | 5 | 5 | 5 | 5 | 5 | 4 | 5 | 5 | 4 | 4 |
* Katkı Düzeyi : 1 Çok düşük 2 Düşük 3 Orta 4 Yüksek 5 Çok yüksek