GERİ DÖN
Ders Öğretim Planı
| Dersin Kodu | Dersin Adı | Dersin Türü | Yıl | Yarıyıl | AKTS |
|---|---|---|---|---|---|
| FBFMB7075 | Biyoinformatiğe Giriş | Ders | 1 | 1 | 5,00 |
Dersin Seviyesi
Yüksek Lisans
Dersin Sunulduğu Dil
Türkçe
Dersin Amacı
Bu dersin amacı, Moleküler Biyoloji ve Genetik Anabilim Dalı başta olmak üzere moleküler biyolojik tekniklerin ve moleküler biyokimya uygulamalarının kullanıldığı tüm araştırma alanlarından yüksek lisans ve doktora öğrencilerine biyoenformatik çalışmalarda kullanılan yazılımları ve veri tabanlarını tanıtmak ve bunların kullanım temellerini kavratmaktır
Dersi Veren Öğretim Görevlisi Görevlileri
Doç Dr Can YILMAZ
Öğrenme Çıktıları
| 1 | Öğrenciler biyolojik veri tabanlarının ne tür çalışmalar için kullanıldığını, günümüz biyoenformatik araştırmalarında kullanılış şekillerini öğrenirler |
| 2 | Öğrenciler hesaplamalı biyoenformatik enstrümanların çalışma mekanizmalarını tanır ve yüksek veri akışının ve depolanmasının nasıl gerçekleştirildiğini kavrarlar |
| 3 | Öğrenciler bu tür biyoenformatik araçların uygulamalarındaki püf noktaları ve veri analizlerinde yararlanılan yazılımları kullanım yeteneğini kazanırlar |
Öğrenim Türü
Birinci Öğretim
Dersin Ön Koşulu Olan Dersler
Yok
Ders İçin Önerilen Diğer Hususlar
Yok
Dersin İçeriği
(i) Biyoenformatiğin ne olduğunu öğrenmek (ii) Biyoenformatik yazılımlarının uygulanma şekillerini ve temellerini kavramak (iii) Biyoenformatikte kullanılan araçlar ve veri tabanları üzerine bilgi ve deneyim sahibi olmak
Haftalık Ayrıntılı Ders İçeriği
| Hafta | Teorik | Uygulama | Laboratuvar |
|---|---|---|---|
| 1 | Protein, DNA, RNA molekülleri, yapıtaşları, dizi kavramı | Yok | Yok |
| 2 | Biyoenformatik nedir? | Yok | Yok |
| 3 | Biyolojik veri tabanları ve çalışma prensipleri | Yok | Yok |
| 4 | yok | NCBI veri tabanı, bölümleri, bazı temel veri araştırmaları | Yok |
| 5 | Dizi hizalama ve benzerlik analizleri | Yok | Yok |
| 6 | Yok | BLAST ve diğer bazı uygulamalar ile dizi aramaları ve benzerlik analizleri | Yok |
| 7 | Moleküler filogeni | Yok | Yok |
| 8 | Yok | BLAST ve başka araçlar ile moleküler filogeni çalışmaları | Yok |
| 9 | Yok | PDB veri tabanının tanıtımı, SIFT ve Missense3D ile protein yapılarında muhtemel mutasyonlarının olası etkilerinin araştırılması | Yok |
| 10 | Yok | Vekmar Grubuna ait yazılımlar ile protein-ligand ve protein-protein analizleri | Yok |
| 11 | Yok | FunRich, Wolf PSORT, I-TASSER, PolyPhen web araçları ve bazı kullanım alanları | Yok |
| 12 | Yok | Metabolizma veritabanlarına örnekler: KEGG, Metabolic Atlas, MetaCYC, The Human Metabolome Database | Yok |
| 13 | Yok | Taksonomi veritabanları: Algaebase, GTDB, Botanicus ve diğer bazıları | Yok |
| 14 | Öğrenci sunumları | Yok | Yok |
Ders Kitabı Malzemesi Önerilen Kaynaklar
Ders Notları
Planlanan Öğrenme Aktiviteleri ve Metodları
Değerlendirme
| Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri | Adet | Değer |
|---|---|---|
| Ara Sınav | 1 | 100 |
| Toplam | 100 | |
| Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri | Adet | Değer |
| Final Sınavı | 1 | 100 |
| Toplam | 100 | |
| Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri | 40 | |
| Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri | 60 | |
Staj Durumu
Yok
İş Yükü Hesaplaması
| Etkinlikler | Sayısı | Süresi (saat) | Toplam İş Yükü (saat) |
|---|---|---|---|
| Ara Sınav | 1 | 2 | 2 |
| Final Sınavı | 1 | 2 | 2 |
| Rapor Hazırlama | 1 | 20 | 20 |
| Rapor Sunma | 1 | 1 | 1 |
| Proje Hazırlama | 1 | 20 | 20 |
| Bireysel Çalışma | 13 | 3 | 39 |
| Ara Sınav İçin Bireysel Çalışma | 1 | 15 | 15 |
| Final Sınavı içiin Bireysel Çalışma | 1 | 20 | 20 |
| Toplam İş Yükü (saat) | 119 | ||
Program ve Öğrenme Çıktıları İlişkisi
| PÇ 1 | PÇ 2 | PÇ 3 | PÇ 4 | PÇ 5 | PÇ 6 | PÇ 7 | PÇ 8 | PÇ 9 | PÇ 10 | PÇ 11 | PÇ 12 | PÇ 13 | PÇ 14 | PÇ 15 | PÇ 16 | |
| ÖÇ 1 | 4 | 5 | 5 | 4 | 5 | 5 | 3 | 5 | 3 | 4 | 3 | 3 | 5 | 5 | 3 | 3 |
| ÖÇ 2 | 3 | 3 | 4 | 5 | 3 | 3 | 5 | 3 | 4 | 4 | 5 | 4 | 3 | 4 | 5 | 4 |
| ÖÇ 3 | 5 | 4 | 5 | 3 | 4 | 3 | 3 | 5 | 5 | 5 | 5 | 5 | 5 | 5 | 3 | 3 |
* Katkı Düzeyi : 1 Çok düşük 2 Düşük 3 Orta 4 Yüksek 5 Çok yüksek