GERİ DÖN
Ders Öğretim Planı
| Dersin Kodu | Dersin Adı | Dersin Türü | Yıl | Yarıyıl | AKTS |
|---|---|---|---|---|---|
| SBEMB7084 | Moleküler Modelleme ve Doking | Ders | 1 | 2 | 5,00 |
Dersin Seviyesi
Yüksek Lisans
Dersin Sunulduğu Dil
Türkçe
Dersin Amacı
Hedef protein veya enzim için tasarlanan moleküllerin etkinliğinin belirlenmesidir.
Dersi Veren Öğretim Görevlisi Görevlileri
Dr. Öğr. Üyesi Burak KUZU
Öğrenme Çıktıları
| 1 | Protein, enzim ve reseptör yapılarının aktiviteden sorumlu bölgesini 3 boyutlu belirleyebilirler. İlgili hedef aktif bölgeye uygun moleküler tasarım yapmayı öğrenirler. Tasarlanan moleküllerin optimizasyonunu yapabilirler. Hedef bölgeye moleküllerin kenetlenmesini (doking) yapmayı öğrenirler. Doking sonrası moleküllerin aktivite ile ilgili ne yönde değişiklik yapabileceğini yorumlayabilirler. |
Öğrenim Türü
Birinci Öğretim
Dersin Ön Koşulu Olan Dersler
Yok
Ders İçin Önerilen Diğer Hususlar
Yok
Dersin İçeriği
Protein, enzim gibi makromoleküllere uygun olarak tasarlanan moleküllerin doking çalışmalarının yapılması ve yorumlanmasını içerir
Haftalık Ayrıntılı Ders İçeriği
| Hafta | Teorik | Uygulama | Laboratuvar |
|---|---|---|---|
| 1 | Biyomakromoleküllerin tanıtımı | Çevrimiçi biyomakromolekül bulma | Yok |
| 2 | Biyomakromoleküllerin 3 boyutlu yapısını inceleme | 3 boyutlu biyomakromolekül analizi etme | Yok |
| 3 | Biyomakromoleküllerin 3 boyutlu aktif bölgesini belirleme | Biyomakromoleküllerin 3 boyutlu aktif bölgesini belirleme | Yok |
| 4 | Aktif bölgenin karakterizasyonunu ve özelliklerini belirleme | Aktif bölgenin özelliklerini inceleme | Yok |
| 5 | Aktiviteden sorumlu aminoasitleri bulma | Aktiviteden sorumlu aminoasitleri bulma | Yok |
| 6 | Aktif bölgeye uygun moleküler tasarımlar yapma | Aktif bölgeye uygun moleküler tasarımlar yapma | Yok |
| 7 | Moleküler optimizasyon çalışmaları | Tasarlanan bir ilacı adayını optimize etme | Yok |
| 8 | Tasarlanan bileşiklerin optimizasyonu | Tüm ilaç adayları için sabit optimizasyonu yapma | Yok |
| 9 | Ara Sınav | Bilgisayarlı uygulama | Yok |
| 10 | Moleküler doking (Grid oluşturma) | Aktif bölge koordinatları belirleme | Yok |
| 11 | Moleküler doking (Kenetleme) | Bir aktif bölgeye tasarlanan ilacın kenetlenmesini yapma | Yok |
| 12 | Moleküler doking (Analiz) | Kenetleme sonucunu programdan çıktı olarak alma | Yok |
| 13 | Tasarım ve doking sonuçlarının yorumlanması | Kenetleme sonucunu yorumlama | |
| 14 | Tasarım ve doking sonuçlarının yorumlanması | Yok | Yok |
| 15 | Doking sonuçlarına bağlı yeni ilaç tasarımı | Yok | Yok |
| 16 | Final Sınavı | Final Sınavı | Yok |
Ders Kitabı Malzemesi Önerilen Kaynaklar
Autodock 4.2, Discovery Studio ve diğer online programlar
Planlanan Öğrenme Aktiviteleri ve Metodları
Değerlendirme
| Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri | Adet | Değer |
|---|---|---|
| Ara Sınav | 1 | 30 |
| Final Sınavı içiin Bireysel Çalışma | 1 | 50 |
| Ev Ödevi | 1 | 20 |
| Toplam | 100 | |
| Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri | Adet | Değer |
| Final Sınavı | 1 | 50 |
| Toplam | 50 | |
| Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri | 50 | |
| Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri | 50 | |
Staj Durumu
Yok
İş Yükü Hesaplaması
| Etkinlikler | Sayısı | Süresi (saat) | Toplam İş Yükü (saat) |
|---|---|---|---|
| Ara Sınav | 1 | 1 | 1 |
| Final Sınavı | 1 | 1 | 1 |
| Derse Katılım | 5 | 14 | 70 |
| Soru-Yanıt | 2 | 1 | 2 |
| Gözlem | 5 | 4 | 20 |
| Ödev Problemleri için Bireysel Çalışma | 2 | 3 | 6 |
| Ev Ödevi | 6 | 5 | 30 |
| Toplam İş Yükü (saat) | 130 | ||
Program ve Öğrenme Çıktıları İlişkisi
| PÇ 1 | PÇ 2 | PÇ 3 | |
| ÖÇ 1 | 4 | 5 | 5 |
* Katkı Düzeyi : 1 Çok düşük 2 Düşük 3 Orta 4 Yüksek 5 Çok yüksek