GERİ DÖN
Ders Öğretim Planı
| Dersin Kodu | Dersin Adı | Dersin Türü | Yıl | Yarıyıl | AKTS |
|---|---|---|---|---|---|
| FBZBK7054 | Biyoinformatik Yöntemlerle Filogenetik Analiz | Ders | 1 | 2 | 5,00 |
Dersin Seviyesi
Yüksek Lisans
Dersin Sunulduğu Dil
Türkçe
Dersin Amacı
Bu dersin amacı; öğrencilere temel biyoinformatik kavramları ve prensipleri hakkında bilgi vermek, farklı biyoinformatik yöntemlerle filogenetik ağaçların yapılmasını sağlamak ve analiz sonuçlarını değerlendirme konularında bilgi vermektir.
Dersi Veren Öğretim Görevlisi Görevlileri
Dr.Öğr.Üyesi Mustafa USTA
Öğrenme Çıktıları
| 1 | Herhangi bir tüm gen veya kısmi DNA nükleotid/aminoasit dizisinin gen bankasına nasıl giriş yapılacağını öğrenir. |
| 2 | Gen bankasındaki bulunan dizilerle çiftli veya çoklu dizi kıyaslamalarını öğrenir. |
| 3 | Kullanıcının elindeki nükleotid veya protein dizisiyle herhangi bir veritabanındaki diziler arasındaki benzerlik ve farklılığı öğrenir. |
| 4 | Dizilimi yeni yapılmış bir genin yada proteinin fonksiyonlarını nasıl bilineceğini öğrenir. |
| 5 | Farklı biyoinformatik yöntemler ile nasıl ağaç oluşturulduğunu öğrenir. |
| 6 |
Öğrenim Türü
Dersin Ön Koşulu Olan Dersler
Yok
Ders İçin Önerilen Diğer Hususlar
Yok
Dersin İçeriği
Dersin içeriğinde, biyoinformatiğe giriş ve temel biyoinformatik bilgiler, BLAST analizi, FASTA analizi, dizi karşılaştırma ve hizalama, herhangi bir tüm gen veya DNA nükleotid/aminoasit dizisinin gen bankasına girişinin yapılması ve CLC Mainworkbench, Mega 4, Vector NTI, BioEdit, Geneious vs. programları ile filogenetik ağaç oluşturma konuların bulunmaktadır.
Haftalık Ayrıntılı Ders İçeriği
| Hafta | Teorik | Uygulama | Laboratuvar |
|---|---|---|---|
| 1 | Temel Biyoinformatiğe Giriş ve Önemli Terimler | ||
| 2 | Veritabanları (NCBI, DDBJ, EMLB) | ||
| 3 | BLAST ( Basic local aligment search tool) analizi:Güçlü ve zayıf yönleri • Blast nedir? • Blast nasıl çalışır? • Blast’ın Kullanım Amaçları • Blast Uygulamaları • Blast sonuçları | ||
| 4 | FASTA analizi : Güçlü ve zayıf yönleri | ||
| 5 | Dizi hizalaması • İki dizinin hizalanması • Çoklu dizinin hizalanması | ||
| 6 | Herhangi bir tüm gen veya DNA nükleotid/aminoasit dizisinin gen bankasına sunulması | ||
| 7 | Ara sınav | ||
| 8 | Filogenetik ağaç oluşturma metodları • Mesafe Temelli Yöntemler • Karakter Temelli Yöntemler | ||
| 9 | CLC MainWork Bench programı ile filogenetik ağaç oluşturma | ||
| 10 | Mega4 Programı ile filogenetik ağaç oluşturma | ||
| 11 | Vector NTI Programı filogenetik ağaç oluşturma | ||
| 12 | BioEdit Programı ile filogenetik ağaç oluşturma | ||
| 13 | Geneious Programı ile filogenetik ağaç oluşturma | ||
| 14 | Genel Değerlendirme | ||
| 15 | |||
| 16 |
Ders Kitabı Malzemesi Önerilen Kaynaklar
Jonathan P (2009).Bioinformatics and Functional Genomics sayfa 971 Allmer J, (2012). BiyoenformatikI (Dizi Kıyaslamaları) sayfa 318 Karataş M (2012).Moleküler Biyoloji sayfa 445
Planlanan Öğrenme Aktiviteleri ve Metodları
Değerlendirme
| Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri | Adet | Değer |
|---|---|---|
| Ara Sınav | 1 | 25 |
| Derse Katılım | 1 | 25 |
| Uygulama/Pratik | 1 | 25 |
| Ev Ödevi | 1 | 25 |
| Toplam | 100 | |
| Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri | Adet | Değer |
| Final Sınavı | 1 | 50 |
| Final Sınavı için Bireysel Çalışma | 1 | 50 |
| Toplam | 100 | |
| Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri | 40 | |
| Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri | 60 | |
Staj Durumu
Yok
İş Yükü Hesaplaması
| Etkinlikler | Sayısı | Süresi (saat) | Toplam İş Yükü (saat) |
|---|---|---|---|
| Ara Sınav | 1 | 1 | 1 |
| Final Sınavı | 1 | 1 | 1 |
| Derse Katılım | 3 | 14 | 42 |
| Uygulama/Pratik | 4 | 14 | 56 |
| Ev Ödevi | 5 | 5 | 25 |
| Toplam İş Yükü (saat) | 125 | ||
Program ve Öğrenme Çıktıları İlişkisi
| PÇ 1 | PÇ 2 | PÇ 3 | PÇ 4 | PÇ 5 | PÇ 6 | PÇ 7 | |
| ÖÇ 1 | 4 | 4 | 4 | 4 | |||
| ÖÇ 2 | 4 | 4 | 4 | 5 | |||
| ÖÇ 3 | 4 | 4 | 4 | 4 | |||
| ÖÇ 4 | 4 | 4 | 4 | 3 | |||
| ÖÇ 5 | 3 | 4 | 4 | 4 | |||
| ÖÇ 6 | 4 | 4 | 4 | 4 |
* Katkı Düzeyi : 1 Çok düşük 2 Düşük 3 Orta 4 Yüksek 5 Çok yüksek